Nocardia xishanensis

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Nocardia xishanensis
Description de cette image, également commentée ci-après
Une colonie de Nocardia similaire à N. xishanensis en culture
Classification LPSN
Domaine Bacteria
Phylum Actinomycetota
Classe Actinomycetes
Ordre Mycobacteriales
Famille Nocardiaceae
Genre Nocardia

Espèce

Nocardia xishanensis
J. Zhang et al. 2004

Nocardia xishanensis est une espèce de bactéries gram positives de la famille des Nocardiaceae.

Historique

L'espèce Nocardia xishanensis a été décrite sur la base d'une seule souche, la souche 276, isolée du sol de la montagne Xishang à Beijing en Chine[1].

Description

Culture

Les Nocardia xishanensis sont aérobies et gram positives. Elles sont partiellement acid-fast et non mobiles. Les filaments mycéliens ramifiés se fragmentent en éléments coccoïde et bacilliaires aussi. Les colonies sont convexes avec des bords irréguliers à filamenteux[1].

Nocardia xishanensis est capable de croître entre 22 et 38 °C à un pH situé entre 5,5 et 10 mais pas à 5, 10 ou 45 °C[1]. Cette croissance est possible à des concentrations de 0 à 3 % de NaCl mais pas à 5 %[2].

Caractéristiques biochimiques

N. xishanensis est capable d'hydrolyser l'esculine, l'urée et l'arbutine. Elle peut réduire le nitrate[1]. Elle est capable de dégrader le tween 20, le tween 60 et le tween 80. Par contre, cette espèce ne dégrade ni l'adénine, l'amidon, la caséine, l'élastine, la guanine, l'hypoxanthine, la tyrosine ou la xanthine. Le test catalase est positif[1]. Cette espèce est capable de produire de l'acétamide et du citrate[3].

N. xishanensis forme de l'acide en utilisant le (+)-D-glucose et le glycérol mais pas les sucres suivants : amidon, arbutine, D-fructose, D-galactose, meso-inositol, l'inuline, le D-maltose, D-mannose, le D-melezitose, le D-mélibiose, le D-raffinose, l'α-L-rhamnose, D-ribose, D-sucrose, D-tréhalose, D-turanose, et D-xylose[2].

Les sources de carbone et d'énergie utilisables par cette bactérie sont : acétate, acide adipique, amidon, D-cellobiose, D-fructose, D-fucose, fumarate, D-galactose, D-glucose, glycérol, meso-inositol, lactate, malate, D-maltose, D-mannose, D-mélibiose, paraffine, pyruvate, α-L-rhamnose, D-ribose, D-salicine, D-sorbitol (faiblement), succinate, D-sucrose et D-tréhalose[2].

Les sources d'azote utilisables par cette espèce N. xishanensis sont : L-Alanine, L-proline et L-valine[2]. L'acétamide, la L-asparagine, L-aspartate, la gélatine, D-glucosamine, L-leucine, L-phénylalanine et la L-sérine ne sont pas utilisés à cet escient[2].

Acides gras

Le profil des acides gras de cette espèce est formé par une majorité de C16:0 qui forment 33.1 % des acides gras, cis9-C18:1 à 32,7 %, 10-methyl-C18:0 (11.3 %) puis de C18:0 formant 7.6 % des acides gras[4],[5].

GC %

Le contenu en guanine-Cytosine de l'ADN de N. xishanensis est estimé à 68,8 %[2],[5].

Taxonomie

Le nom correct complet (avec auteur) de ce taxon est Nocardia xishanensis Jianli Zhang et al. 2004[6]. Bien que décrite en 2004, le nom de cette espèce a été validée en 2005 par l'ICSP[7]. La souche type de cette espèce, est la souche 276 déposée dans des banques de cultures bactériennes sous les identifiants CGMCC 4.1860, JCM 12160 et DSM 44895[8],[5].

Étymologie

L'étymologie du nom spécifique de N. xinshanensis est la suivante : xi.shan.en’sis. N.L. masc./fem. adj. xishanensis, de ou appartenant à la montagne Xishan où la souche type de cette bactérie a été isolée du sol[6],[1].

Phylogénie

Le séquençage de l'ARNr 16S de la souche type a permis de classer celle-ci dans la famille des Nocardiaceae et dans le genre Nocardia. Au moment de sa description, la bactérie est même classée dans le sous-ordre des Corynebacterineae. Bien intégrée au sein des Nocardia, elle forme toutefois un clade séparé des autres espèces bien qu'elle présente une similarité de séquence de 98,2 % et 97,9 % avec les espèces N. abscessus et N. asteroides respectivement[1],[5]. Les résultats d'hybridations ADN-ADN avec ces deux espèces, distinguent la souche 276 comme étant une espèce différente avec des valeurs d'hybridations de 39 % et 35 % respectivement[1]. En 2015, la séquence de l'ARNr16S de la nouvelle espèce N. arizonensis présente une similarité maximale de 98,3 % avec N. takedensis et de 97,1 % avec N. xishanensis[9].

Résistance aux antibiotiques

Le souche type de l'espèce N. xishanensis est résistante à la pénicilline G, au lysozyme, et au sulfate de gentamicine. Par contre, elle est sensible au chloramphénicol, à l'érythromycine, à la midécamycine, à l'hydrochloride de minocycline, à la rifampicine, au sulfate de Streptomycine, au sulfate de tobramycine et à l'hydrochloride de vancomycine[2] ainsi qu'à l'arbékacine, l'ampicilline, la clarithromycine, le Céfotiam et l'érythromycine[5].

Références

  1. ↑ a b c d e f g et h Zhang, Liu et Goodfellow 2004, p. 2302.
  2. ↑ a b c d e f et g Zhang, Liu et Goodfellow 2004, p. 2303.
  3. ↑ (en) Barbara A. Brown-Elliott, June M. Brown, Patricia S. Conville et Richard J. Wallace Jr, « Clinical and Laboratory Features of the Nocardia spp. Based on Current Molecular Taxonomy », Clinical Microbiology Reviews, American Society for Microbiology, vol. 19, no 2,‎ , p. 259-282 (DOI 10.1128/cmr.19.2.259-282.2006)
  4. ↑ Zhang, Liu et Goodfellow 2004, p. 2302-2303.
  5. ↑ a b c d et e Goodfellow et Maldonado 2015.
  6. ↑ a et b List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 25 novembre 2023
  7. ↑ (en) Jean P Euzeby, « Notification list. Notification that new names and new combinations have appeared in volume 54, part 6 of the IJSEM. », Int J Syst Evol Microbiol, vol. 55, no 2,‎ , p. 551-554 (DOI 10.1099/ijs.0.63665-0)
  8. ↑ Zhang, Liu et Goodfellow 2004, p. 2304.
  9. ↑ (en) BA Lasker, M Bell, HP Klenk, P Schumann et JM Brown, « Nocardia arizonensis sp. nov., obtained from human respiratory specimens », Antonie van Leeuwenhoek, vol. 108, no 5,‎ , p. 1129-1137 (ISSN 0003-6072, e-ISSN 1572-9699, PMID 26427857, DOI 10.1007/s10482-015-0566-4)

Bibliographie

  • Publication originale (en) Jianli Zhang, Zhiheng Liu et Michael Goodfellow, « Nocardia xishanensis sp. nov., a novel actinomycete isolated from soil. », Int J Syst Evol Microbiol, vol. 54, no 6,‎ , p. 2301-2305 (DOI 10.1099/ijs.0.63133-0).
  • Michael Goodfellow et Luis A. Maldonado, « Nocardia xishanensis Zhang, Liu and Goodfellow 2004 », dans M.E. Trujillo, S. Dedysh, P. DeVos, B. Hedlund, P. Kämpfer, F.A. Rainey and W.B. Whitman, Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Wiley, (DOI 10.1002/9781118960608.gbm00032).

Liens externes

Sur les autres projets Wikimedia :

  • Nocardia xishanensis, sur Wikispecies
  • (en) Référence Catalogue of Life : Nocardia xishanensis Zhang et al., 2004 (consulté le )
  • (fr + en) Référence EOL : Nocardia xishanensis (consulté le )
  • (fr + en) Référence GBIF : Nocardia xishanensis Zhang et al., 2004 (consulté le )
  • (fr + en) Référence ITIS : Nocardia xishanensis Zhang et al., 2004 (consulté le )
  • (en) Référence LPSN : Nocardia xishanensis Zhang et al. 2004 (consulté le )
  • (en) Référence NCBI : Nocardia xishanensis (taxons inclus) (consulté le )
  • (en) Référence Taxonomicon : Nocardia xishanensis Zhang et al. 2004 (consulté le )
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